1944-ben a világháború frontjai egyre közelebb kerültek Magyarországhoz. A szövetséges légierő gépei naponta hajtottak végre támadást az ország főbb stratégiai pontjai ellen. Ezek a támadások Szegedet sem kerülték el. A gimnázium és a rendház 1886-ban épült patinás épülete nem számított ugyan stratégiai célpontnak, ennek ellenére 1944. július 3-án bombatámadás érte. Az épületben (főleg tetőzet, ablaküvegek) 140 ezer pengő kár keletkezett. Központi fekvése és tágassága miatt az oktatáson kívül "egyéb" célokra is felhasználták 1944-45 folyamán. Először, a korabeli szóhasználattal élve az "ismeretlen helyre távozott" zsidók bútorait tárolták a földszinten. Az emeleten pedig német hadikórházat rendeztek be.
Valódi tanításról szeptember és október folyamán szó sem lehetett. Egyre közeledett a front, föl kellett tehát készülni arra, hogy a város hadszíntérré válhat.
A rend vezetése a következő piaristákat "hagyta" Szegeden: Csonka Mihály igazgató, dr. Kiss Márton, ifj. Kovács Mihály, dr. Révai József, Sörlei Zsigmond, Szalay József, Tárkányi Ferenc, Zömbik Miklós. A város 1944. október 10-11-én esett el, kisebb harcok után.
A piarista atyák reverendában jártak, amit még az oroszok is tiszteletben tartottak (legalábbis itt Szegeden, Győrben azonban Apor Vilmost már nem védte meg a gyilkos golyótól).
A németektől eltérően az oroszok szabad prédának tekintették az iskola épületét és annak vagyontárgyait. Főleg a zsidó bútorokat szállították el, mondván a kórházba viszik. Az orosz katonai hatóság egyik első intézkedése volt a városban, hogy áttanulmányozás végett bekérte a irodalom, történelem és földrajz tankönyvek 1-1 példányát.
November 3-án végre sor kerülhetett a Veni Sanctéra, november 5-én ünnepelték meg Szent Imre napját, s a tanítás november 6-án indulhatott meg. Ekkor szervezték meg az Egyesített Városi Fiúgimnáziumot. A IV., VI., VII. osztályok a piarista rendházban, a többiek a Polgáriskolai Tanárképző Főiskola épületében kezdtek.
Felállították a városban az igazolóbizottságot. Vezetői: Pálfy György alpolgármester és Komócsin Mihály voltak. A gimnázium tanári karából egyedül Zömbik Miklós piaristát nem igazolták. Az ellene felhozott vádak, miszerint antiszemita nézeteket vall, nem nyertek bizonyítást. A gimnázium tanári kara és diáksága végig kiállt mellette. Jelszavaik: "Zömbik vissza!" és "Föld, kenyér, szabadság, Zömbiknek igazság", újra és újra felhangzott az iskola folyosóin és tantermeiben. A bizottság végül a nyomás hatására kénytelen volt meghátrálni és meg kellett adniuk az engedélyt, hogy tovább taníthasson .
1945. január 30-án orosz katonai kórház költözik a rendházi részbe is. Az épület pusztulása ezzel tovább folytatódik. Csonka Mihály igazgató hiába kéri az illetékes városi hatóságot, hogy a "még visszamaradt ingóságokat" az alsóvárosi zárdába szállíttassák el. Az alpolgármester négy hónappal később azt válaszolja neki, hogy a rendőrség jelentése szerint a gimnáziumi kapuk le vannak zárva, s a Hősök kapujánál álló ügyeletes őrszem "fél szemmel" az épületre is figyel.
A magyar miniszterelnök 1945. augusztus 18-án közzétett rendeletében a korábbi hat- ill. nyolcosztályos népiskolákat nyolcosztályos általános iskolává kívánta átszervezni. A piarista iskola tantestülete 1945. szeptember 1-én tartotta alakuló értekezletét a Szent Imre Kollégium ebédlőjében. A tanítás szeptember 10-én kezdődött meg. A régi épületbe való visszatérés 1945.november 28-án vált lehetővé. Az iskola felszerelése majdnem teljesen megsemmisült. Az 1943-44-es tanév végén kimutatott leltári állomány 50645 darabja, 20%-ra csökkent. A felszerelés 80% elveszett. Az épület is rendkívüli mértékben megrongálódott. Az ősz folyamán a diákok és tanárok többször végeztek fakitermelést és befuvarozást, hogy az iskola fűtéséről gondoskodjanak.
A tanév folyamán elhelyezték Lénárd Ödönt, és megvált állásától Szabolcsi Gábor is. A 31 fős tantestület 19 tagja volt piarista, (61 százalék) 12 fő pedig világi tanár.
Csak 1946. márciusára került vissza a tanítás a régi kerékvágásába. Ettől kezdve tartják újból a diákmiséket a Fogadalmi templomban, s a tanítás újból a teljes óraszámban és rendes időtartammal folyik. Május 19- én könyörgő zarándoklat indul a jó békéért az alsóvárosi templomhoz. Június 20-án - hagyományosan - felvonult az iskola az úrnapi körmeneten.
Bizonyos jelek arra utalnak, hogy stabilizáció fog következni az országban. Megjelent az új forint a teljesen inflálódott pengő helyett. Folynak a béketárgyalások, s azok végeztével hazatérhetnek a hadifoglyok, (köztük több civil tanár is) s megszüntetik Magyarország szovjet megszállását - legalábbis ebben bízott az ország. A valóságban azonban sötét felhők kezdtek gyülekezni. A választásokon győztes Kisgazdapárt a szalámitaktika áldozata lett. Nagy Ferenc miniszterelnök Svájcba kénytelen emigrálni. Kovács Bélát a szovjet belügyi szervek letartóztatják. Az országban a bizonytalanság, a jövőtől való félelem kezd eluralkodni. A párizsi békeszerződésben egy újabb Trianont akasztanak a nyakunkba, az elsőnél is súlyosabb feltételekkel. A Felvidéken etnikai tisztogatás folyik, a magyarok elüldözése, áttelepítése. Városunktól néhány kilométerre a Bácskában pedig valóságos genocidium van.
Az egyházi iskolák elleni első támadás a latin nyelvvel kezdődött. Mindszenty hercegprímás azonban ezt elhárítja, sőt a keresztény latin írók elmélyültebb tanulmányozását ajánlja az ifjúságnak. A katolikus tanügyi főigazgató pedig azt javasolja, hogy angol köröket alakítsanak. A British Council angol könyveket, az amerikai segélyszervezetek pedig ruhákat osztanak a diákoknak. Közben folyt a tanárok "átnevelése" világnézeti tájékozódó előadások címén. Például Dr. Madách László "Mit kíván a magyar demokratikus köztársaság a magyar pedagógusoktól" címmel tartott fejtágítót.
1947. tavaszán a Dugonics Gimnázium régi diákját, Ortutay Gyulát nevezik ki kultuszminiszternek. Az iskola vezetése gratulál e magas tisztséghez. Sajnálatos tény azonban, hogy az ő hivatali ideje alatt indulnak a legalattomosabb támadások a katolikus iskolák ellen. Igaz, ezek legtöbbje a Belügyminisztériumból, illetve annak egyik osztályáról, az ÁVO- ból indul. A megbízók pedig nem mások, mint a kommunista párt vezetői, élükön Rákosi Mátyással. Sztálin legjobb magyar tanítványa a marxizmus mellett buzgón tanulmányozta az egyháztörténelmet is, hogy kellő muníciót szerezve szórja rágalmait a "reakciós" egyházra. 1947. márciusában a helyzet pattanásig feszült volt. A Vallási és Közoktatási Minisztérium a fakultatív hitoktatás bevezetését rendelte el. A kommunista sajtó azt szajkózta, hogy nem éri sérelem a vallásszabadságot, a diákok és a szülők azonban másként vélekedtek. Március 19-én tüntetésre került sor Szegeden a fakultatív hitoktatás bevezetése ellen.
Március 18-a: A városban mindenfelé beszélik hogy a diákság másnap tüntetésre készül a fakultatív hitoktatás bevezetése ellen. Barta István, a piarista gimnázium igazgatója szülői értekezletet hívat össze, hogy elejét vegye a beláthatatlan következményű eseményeknek.
A másnapi tüntetés résztvevői a különböző szegedi iskolák diákjai voltak. A hivatalos jegyzőkönyv szerint három ismeretlen fiú és lány jött be aznap reggel a piarista iskolába. Ők buzdították tüntetésre a diákságot. Néhányan csatlakoztak is hozzájuk, ők igazolatlan órát kaptak. Ennek ellenére, főleg a felsőbbéves diákok közül nagyon sokan a Dóm térre mentek. A Szentháromság utcában és a téren ekkor már körülbelül 1500-an gyülekeztek. Transzparenseiken a "HITOKTATÁST AKARUNK" feliratot emelték a magasba. A Christus vincit-et és a Himnuszt énekelték. Az egyre növekvő tömeg az alsóvárosi zárda felé vette az útját. Ott is sokan csatlakoztak hozzájuk. Visszafele jövet a rendőrség dzsipje belehajtott a békés tömegbe, s egy lányt puskatussal úgy megütöttek, hogy a földre esett. Elkezdődtek a letartóztatások. A tömeg a Dóm felé rohant. Kb. 1000 lány a patinás épületben keresett menedéket. A piarista diákság a tankerületi főigazgató irodája elé vonult. Követelték, hogy táviratozzon a "felsőbb hatósághoz", melyben tudtul adja, hogy a szegedi diákság tiltakozik a fakultatív hitoktatás bevezetése ellen. A főigazgató megtagadta ezt, s tanulni küldte a diákokat. A szemtanúk szerint az események eldurvulásáért a felelősség a rendőrséget terheli, akik valóságos hajtóvadászatot rendeztek a diákok után. Lefogtak néhány egyetemistát is, köztük Molnár József bölcsészt, piarista öregdiákot is. Kiszabadításukra a fiatalok a rendőrpalota elé mentek. Felvonultak a tűzoltók is, akik parancsra előbb szórórózsával, majd később erős vízsugárral kezdték oszlatni a tömeget. Mindenki menekülni próbált. Egy lány azonban nem mozdult, s mikor a tűzoltó elfordította a fecskendőt, ezt kiáltotta: "A Krisztusért!". A rendőrség újabb 30-40 fiatalt tartóztatott le. Grosser Pál IV.A. osztályba járó fiú a Kárász utcán hangosan kiabálta, hogy a rendőrök, akik őt is megverték, brutálisabbak a nyilasoknál. Éjjel Havas Géza püspöki titkár, Pongrácz Lóránt a Klauzál Gimnázium hittanára, valamint néhány szülő járt Diczfalussi rendőrkapitánynál, hogy engedjék szabadon a fiúkat és lányokat. Ő ígéretet tett, hogy nem éri a fiatalokat bántódás. Mint később kiderült, valótlant állított, sok gyereket bántalmaztak fizikailag és zsaroltak lelkileg. Ennivalót nem kaptak a fogvatartás alatt.
Március 20. A diákság fél nyolckor találkozott a Klauzál téren. A cél a még mindig bebörtönzöttek kiszabadítása volt. Ekkor már olvasni lehetett a Délmagyarországban és az országos lapokban a diáktüntetésről. Ezek a cikkek tendenciózus valótlanságokat állítottak. A tömeg a piarista gimnázium elé vonult, elöl a fiúk, utánuk a lányuk. Végh házfőnök úr azonban megtiltotta a konviktoroknak, hogy társaikhoz csatlakozzanak. Az ajtókat bezáratta. Kovács és Greff tanár urak őrködtek a kapunál. A püspök úr és a gimnázium igazgatója is hasonlóképpen rendelkezett. Nem mintha nem értettek volna egyet a fiatalokkal, de féltették őket a fizikai atrocitásoktól, amelyek hamarosan be is következtek. A kivezényelt munkások több teherautóval érkeztek az újszegedi kendergyárból. Először a hátul vonuló lányokat támadták meg bicikliláncokkal, gumibotokkal. A fiúk nem hagyva ennyiben a dolgot, köveket ragadtak és megfutamították az üldözőket. A kommunista Dálmagyarország egyik jelenlévő szerkesztőjét is alaposan helybenhagyták. A rendőrség a rend helyreállítása helyett, puskatussal a diákságra támadt. Sok diákot letartóztattak, de egyetlen munkást sem. A kivonuló katonaság is inkább a menekülő kommunistákat védte. Véres volt a kövezet a gimnázium előtti téren. Kovács Mihály és Torontáli László a kapunál segédkeztek. Beengedték a sebesülteket és a lányokat, majd egy nagy kulccsal bezárták az ajtót, nehogy illetéktelenek menjenek be az épületbe.
Délután egyetemista tüntetés is volt a rendőrség előtt, de őket is szétverték. Este hét órakor rózsafüzérrel imádkozva némán vonultak fel a szülők és a diákok a Dóm térre. Itt nem történt atrocitás.
Másnap délután volt a baloldali lapok által kigúnyolt temetés. Az egyetemen délelőtt koszorúra gyűjtöttek. Az a hír járta be a várost, hogy egy tizenhárom éves kislány, akit még az első napon bántalmaztak, belehalt sétüléseibe. A temetés híre azonban valótlannak bizonyult. Az összegyűltek erre a hősök sírját koszorúzták meg.
Ezekben a napokban a szegedi fiatalság példát mutatott az egész országnak. A vallásszabadságért és ahogy mondták "Krisztusért", az "igaz hitért" vállalták ezt a csöppet sem veszélytelen kiállást. Ezek az események is nagyban hozzájárultak ahhoz, hogy a fakultatív hitoktatás törvénytervezetét nem terjesztették a Parlament elé. 1947. május 10-én a Szabad Nép közölte Rákosi Mátyás angyalföldi beszédét. Ebben a kommunista pártvezér "helyteleníti és elítéli azt a hanyag és felelőtlen módot", amellyel a fakultatív hitoktatás kérdését a Kisgazdapárt napirendre tűzte. Egyetértenek ugyan vele, de úgy látják, hogy hosszas felvilágosító munka után lehet ezt csak az emberekkel elfogadtatni. Mészáros István, a "Mindszenty és Ortutay" című könyv szerzőjének véleménye szerint itt arról volt szó, hogy az MKP meg akarta szondázni a magyar társadalmat. Mikor látták, hogy nagy az ellenállás, győztesen visszavonulót fújtak, hiszen az egész kérdést a Kisgazdapárt vetette föl. Valójában a kommunisták ekkor már az egész egyházi oktatás megszüntetését tervezték.
A tüntetések után a belügy továbbra is támadásban maradt. Rajk László s.k. feloszlatta a Szegedi Piarista Diákszövetség Egyesületet. A rendkívül furcsa indoklás így hangzott: "Az egyesület a működését szünetelteti, erre azonban nem kért és nem kapott engedélyt."
A diákság meggyúrását szolgálja az MSZDP helyi kezdeményezése, miszerint az önképzőkörben politikamentes előadásokat tartanának a tudományos szocializmusról. Az év vége felé közeledve a Vallási és Közoktatási Minisztérium a régies hangzású "ballagás" szó helyett a búcsúzást ajánlja. Valamint a "Ballag már a vén diák" kezdetű régi diákdal elhagyását javasolja, mondván, magyar diák miért énekeljen német dalt.
A új tanítási év megkezdése előtti napon - augusztus 31-én - választásokat tartanak szerte az országban. Ez a "kékcédulás választás" néven vált ismerté, melyen a kommunisták óriási csalással tudták csak megszerezni a győzelmet. Az 1948-as évet a fordulat évének kiáltották ki. Ez azt jelenti, hogy Romániához, Bulgáriához, Lengyelországhoz hasonlóan Magyarországon is bevezetik a proletárdiktatúrát, azaz egypártrendszert és parancsuralmat hoznak létre. Ezen az úton a katolikus egyház jelentette a legfőbb akadályt számukra.
A protestáns egyházakkal könnyebben el tudtak bánni. Ravasz László református és Ordass Lajos evangélikus püspököket kiszorították egyházaik éléről. Az új vezetés támogatásáról biztosította a kormányt: politikai, gazdasági és tanügyi kérdésekben egyaránt.
Április végétől megindult az agitációs gépezet a római katolikus egyház ellen is. Óriási nyomás nehezedett a katolikus iskolákban tanítókra. A mézesmadzag és a bunkósbot politikáját alkalmazták velük szemben. Ortutay Gyula május 15-i sajtótájékoztatóján fizetésemelést helyezett kilátásba az átlépők számára. Ígéretett tett arra is, hogy a kötelező hitoktatás megmarad az új iskolákban (1949-ben azonban mégis megszüntették). A legilletékesebbeket - az egyház vezetőit - ezúttal sem kérdezték iskoláik jövőjét illetően. Ők is a sajtóból értesültek az eseményekről. A püspöki kar ezekben a nehéz hetekben két körlevelet adott ki. 1948. május 11-én és 23-án olvasták fel ezeket a templomokban. Ebben felhívják a kormányzat figyelmét arra, hogy nem zárkóznak el a tárgyalások elől, de kérik, hogy teremtsenek békés, nyugodt légkört ehhez. Megszólalt XII. Pius pápa is, aki 1948. május 30-án a budapesti Eucharisztikus Világkongresszus 10. évfordulója alkalmából rádióbeszédet intézett Magyarországhoz. Ebben negerősítette a híveket és az egyházi vezetőket, hogy a helyes úton járnak, ha ellenzik az egyházi iskolák államosítását és kiállnak a lelkiismereti szabadság elve mellet. Ezután több ingerült és eredménytelen levélváltás is történt Ortutay miniszter és Mindszenty József hercegprímás között. Az egész ország felbolydult méhkashoz hasonlított. Ebben a légkörben következett be a Szabolcs megyei Pócspetri faluban történt tragédia. Egy rendőr saját fegyverével megölte magát. Az eset rendkívül homályos, nagyon sok a tisztázatlan kérdés. A katolikus népiskola államosítása ellen tüntető, vallásos énekeket éneklő tömeget akarta két rendőr szétoszlatni. Ekkor következett be a véletlen tragédia. A kommunista párt vezetői háromnapos hallgatás után összeállították a "forgatókönyvet", mely szerint a falu plébánosa volt a felbújtó, s a segédjegyző volt a gyilkos. "Vér tapad a fekete reakció kezéhez!" Ilyen és ehhez hasonló címekkel jelentek meg az újságok. A rendőr halálának oka tulajdonképpen Mindszenty és a katolikus püspökök, akik felizgatták a népet, hogy saját hatalmukat megvédjék és a "demokráciával" szembeszegüljenek - írták.
1948. június 16-án ebben a légkörben terjeszti be a parlamentben Ortutay Gyula a törvénytervezetet. A végeredmény nem lehet kétséges. Névszerinti szavazás során 230:63 arányban elfogadták az iskolák államosítását. Ellene szavazott a Barankovics István vezette Demokrata Néppárt, valamint a Schlachta Margit féle Keresztény Női Tábor.
A több évszázados múlttal rendelkező katolikus oktatás megszűnt Magyarországon.
A Dugonics András Piarista Gimnázium ideje is betelt, hasonlóan az ország sok ezer felekezeti iskolájához. Míg egy évvel korábban tüntetők százai mentek ki az utcára, hogy tiltakozzanak a fakultatív hitoktatás bevezetése ellen, most néma maradt a város és az ország. A félelem ülte meg a lelkeket. Ki merte volna ekkor megkockáztatni, hogy "reakciósnak" minősítsék? Ez egyet jelentett volna a gyors letartóztatással, internálással, sőt, talán a halálbüntetéssel is.
Az új rendszernek továbbra is problémái voltak a régi egyházi iskolákkal, legfőképpen a gimnáziumokkal. A nyolcosztályos középiskolákat még 1945-ben megszüntették, az államosítás után pedig újabb reformok bevezetését tervezték. A tervezet bevezetője szerint "a legfontosabb újítás az, hogy megszünteti a volt úri osztály kiváltságos iskolatípusának, a gimnáziumnak a felsőbbrendűségét. A ipari gimnáziumok és a mezőgazdasági gimnáziumok az új középiskolai rendszerünk legfontosabb tagozatai lesznek."
Szegedre vonatkozóan ez azt jelentette, hogy dr. Páti Ferenc mb. tankerületi főigazgató értesítette az államosított piarista iskola igazgatóját, miszerint "a vezetése alatt álló intézet osztályait szét kell osztani a Baross és a Klauzál gimnáziumok között. Az említett iskolák vezetőivel haladéktalanul lépjen érintkezésbe, és a tanulók arányos szétosztását hajtsák végre" - szólt a dörgedelmes levél. A végzés dátuma: 1949. július 29. Dr. Zsámbéki László igazgatónak egy hét állt rendelkezésre, hogy mindezt keresztülvigye. A nyár kellős közepén szülői értekezletet hívott egybe, ahol értesítette az érdekelteket a fejleményekről. A szülők nehezen értették meg, miért a legpatinásabb, leginkább központi fekvésű iskolát kell megszüntetni. Nehezményezték azt is, hogy szétverik az osztályokat. Kérték, hogy legalább a két érettségi előtt álló osztályt hagyják együtt. Végül mindenki kénytelen volt elfogadni a diktátumot. Dr. Zsámbéki László beszámolt erről a felsőbb hatóságnak s közölte, "hogy a reakciós propaganda megtörésére vonatkozó felvilágosítást is megadta". Az 1720-ban alakult 229 éves, dicső múlttal rendelkező iskola megszűnt. A megszűnés időpontja 1949. augusztus 31.
A történelem nagy igazságtétele, hogy 43 évvel később a rendszerváltás eredményeként újból vissztérhettek a piaristák Szegedre, s Kakuszi Béla Péter civil igazgató vezetésével újraindították a Dugonics András Piarista Gimnáziumot.
1948. december 26-án, Karácsony másnapján letartóztatták Mindszenty József bíboros hercegprímást. Az egyházi ügyeket Rákosi Mátyás vette kézbe. Gergely Jenő (1990) szerint: "A hatalom úgy vélte, hogy a katolikus egyház együttműködése adminisztratív eszközökkel kényszeríthető ki". Róma azonban a további tárgyalások ellen foglalt állást. Ezután került sor a bíboros elleni népbírósági tárgyalásra, s koholt vádak alapján való elítélésére. 1949. augusztus 18-án fogadta el az országgyűlés a lelkiismereti-és vallásszabadságról szóló törvényt. Egy hónap sem telt el, s megszüntették a kötelező hitoktatást Magyarországon. (Ennyit értek a törvények.)
A katolikus egyház vezetői eddig sikerrel hárították el a kánonokba ütköző megállapodások aláírását. Kitértek az ún. békemozgalomban való részvétel elől is.
Rákosiék döntő lépésre szánták el magukat. Az ÁVH közreműködésével internálták először a határsávból, majd az egész országból a szerzeteseket és szerzetesnőket. Ennek a brutális akciónak a célja a szerzetesrendek felszámolása, a "megegyezés" kikényszerítése volt.
A szegedi rendház kapuján 1950. június 9-én, hajnali fél 4-kor dörömböltek. A bentlakó piaristákat és nővéreket egytől egyig internálták. Csak a legszükségesebb holmijukat vihették magukkal. Gulyás Jenő portást és családját több napig háziőrizetben tartották, nehogy elmondják a történteket. A piarista atyák Vácra kerültek, ahol 3 hónapig tartották őket fogva, minden tájékoztatás nélkül. Szeptember elején azután mindenkit elengedtek. Az 1988-as Katolikus Almanach szerint 2300 férfi szerzetes és 8800 apáca került így szétszóratásba. Mindössze négy rend számára engedélyezték, hogy két-két katolikus gimnáziumot újraindítson. Ezek 1950. szeptember 17-én tartották a Veni Sanctet.
A pártállam ezzel elérte egyik legfontosabb célját, az egyházat beszorította a templomok falai közé.